Марат родился 24 мая 1743 года в Швейцарии, где поселились его родители, когда они покинули лоно Католической Церкви и перешли в кальвинизм. Решив стать врачом, Марат учился в Тулузе, Бордо, Париже, затем в Голландии и Англии. В 1773 году в Лондоне он издал "Философский опыт о Человеке", а в 1774 году опубликовал политический трактат "Цепи рабства" в котором утверждал, что монархи ведут народы к рабству, развращая их и искореняя самую мысль о свободе.
Поняв, что добиться признания как теоретик ему не суждено, он переключает свое внимание на больных, уделяет много времени прикладным физическим экспериментам. В 1776 году он возвращается во Францию и получает место врача гвардейцев. Однако его медицинская практика была весьма скудной, а опыты не получили признания королевской Академии наук. Тогда Марат вновь обращается к социальным проблемам: он участвует в конкурсе Бернского экономического общества на лучший проект реформы уголовного права и публикует в 1782 году в Невшателе свой "План уголовного законодательства".
В сентябре 1789 года Марат начинает выпускать знаменитую газету "Друг народа", прославившуюся скандальными разоблачениями всех и вся. Призывы к насилию, апокалиптические предсказания снискали ему популярность в низах общества, а также ненависть многочисленных врагов. Марат неоднократно вынужден был прерывать издание газеты, прятаться по подвалам, а после расстрела 17 июля 1791 на Марсовом поле массовой манифестации, требовавшей отречения Людовика ХVI, искать прибежища в Англии.
Однако, вернувшись во Францию, он возобновляет издание "Друга народа" в апреле 1792 года. Вскоре Марата избирают депутатом Конвента. Он примыкает к монтаньярам, выделяясь даже среди них своим радикализмом, неистовым темпераментом и самим внешним видом - горящими глазами, повязанным на голове платком, широко распахнутым воротом рубашки. Он голосует за смертную казнь короля, предупреждает о предательстве генерала Дюмурье, ведет бешеную кампанию против жирондистов, которым удается добиться декрета о его аресте. Оправданный Революционным трибуналом 24 апреля 1793, Марат триумфально возвращается в Конвент, сопровождаемый многочисленной толпой приверженцев, и продолжает громить оппонентов, готовя падение жиронды.
Марат страдал неизлечимой кожной болезнью, которой заразился еще в юные годы, когда выхаживал английских нищих и бродяг; по другим сведениям, это заболевание было нервным и носило психосоматический характер. Чтобы унять нестерпимый зуд, он часто и подолгу принимал ванны; в этом положении он писал и даже беседовал с посетителями.
Именно в ванной года он и нашел свою смерть 13 июля 1793: его заколола Шарлотта Корде, которую "друг народа" решился принять, поверив, что она явилась к нему с новыми сенсационными разоблачениями врагов революции. Обстоятельства его гибели вдохновили Жака Луи Давида на знаменитую картину "Смерть Марата".